O filtro anaeróbio consiste em um reator biológico onde o efluente é depurado por meio de microrganismos anaeróbios, dispersos tanto no espaço vazio do reator quanto nas superfícies do meio filtrante. Todo processo é bastante afetado pela variação de temperatura do esgoto; sua aplicação é feita de modo criterioso, seguindo estritamente as normas aplicáveis para garantir a eficácia do projeto.